Wakaf dr Seorang Janda
Masjid Jami Ambon didirikan pada tahun 1860 M di atas tanah wakaf yg diberikan oleh seorang janda berjulukan Kharie. Pada awalnya, masjid ini cuma berdinding & beratapkan daun rumbia (pohon aren, enau) dgn tiang kayu. Masjid yg sedemikian kecil itu ternyata tak bisa lagi memuat jamaah karena pemeluk agama Islam kian bertambah di pulau ini sehingga pada tahun 1898 dibangunlah sebuah masjid gres di atas lokasi masjid lama, yg bentuknya lebih besar, serta beratap seng.
Pada tahun 1933, kota Ambon dilanda banjir balasan meluapnya Sungai Wai Batu Gajah. Sedemikian dahsyatnya banjir tersebut sehingga menghanyutkan rumah-rumah penduduk di kiri & kanan sungai tersebut. Termasuk masjid yg berbentuk semi permanen ini, ikut hancur pula diterjang banjir bandang.
Pembangunan kembali masjid baru yg bangunannya lebih permanen, dikerjakan pada tahun 1936, dipelopori oleh Imam Ambon. Renovasi masjid yg pendanaannya berasal dr swadaya murni penduduk muslim Pulau Ambon ini, baru mampu dirampungkan pada tahun 1940, menjelang masuknya tentara Jepang ke Indonesia.
Sejak tahun 1940, Masjid Jami Ambon dikelola oleh suatu yayasan yg baru dibentuk pada tahun itu juga. Di samping untuk shalat Jumat, Id, & shalat lima waktu, Masjid Jami Ambon ini pula dimakmurkan dgn aneka macam acara keagamaan Karena daya tampung masjid belum mencukupi, sementara jumlah jamaah kian membludak maka pengelola masjid mengusahakan untuk memperluas bangunan masjid. Namun, kerena masjid ini mempunyai sejarah khusus maka pada tahun 1960 Penguasa Perang Daerah Maluku menghibahkan lahan tanah yg letaknya berdekatan dgn masjid yg sudah ada ini.
Ikut Terbakar
Menjelang berakhirnya Pemerintahan Kolonial Belanda di Maluku, prajurit Kompeni bersiap menghadapi kedatangan tentara Jepang yg akan menggantikan posisi mereka di Indonesia, dgn cara membuka keran minyak yg berada di sebelah hulu Sungai Wai Batu Gajah sehingga permukaan sungai digenangi oleh minyak yg terbakar.
Akibatnya, masjid itu pun turut terbakar. Namun, umat Islam di Ambon secepatnya membangun kembali masjid yg terbakar itu, untuk menawarkan pada Belanda ketegaran tekad umat Islam dlm mempertahankan masjid tersebut.
Begitupun halnya dgn tentara sekutu (multinasional). Sebelum menduduki Pulau Ambon, mereka terlebih dahulu membombardir kota Ambon sehingga menimbulkan kota itu hancur. Namun, masjid ini tetap berdiri tegar, meskipun bangunan sekitarnya rusak akibat terkena potongan bom.
Begitu pula tatkala pecah pemberontakan kaum separatis RMS (Republik Maluku Selatan), mereka pernah pula seenaknya memasuki bangunan suci umat Islam itu & menangkap empat orang yg berada di dalamnya, termasuk seorang khatib masjid.
Masjid yg terletak di bersahabat sungai & menghadap ke tepi maritim, pernah mengalami kerusakan akibat diterjang ombak danbadai. Sampai sekarang, Masjid Jami Ambon menjadi salah satu tempat berkunjung turis alasannya adalah perannya yg bersejarah itu, khususnya kaum muslimin yg berkunjung ke kota Ambon, niscaya menyempatkan shalat di masjid ini.