Berdasarkan UU No. 15 Tahun 2004 dan SPKN, terdapat tiga jenis audit keuangan negara, adalah:
a) Audit keuangan, merupakan audit atas laporan keuangan yang bertujuan untuk memberikan iktikad yang mencukupi (reasonable assurance), apakah laporan keuangan sudah dihidangkan secara masuk akal, dalam semua hal yang material sesuai dengan prinsip akuntansi yang berlaku umum di Indonesia atau basis akuntansi komprehensif selain prinsip akuntansi yang berlaku biasa di Indonesia.
b) Audit kinerja, mencakup audit ekonomi, efisiensi, dan efektivitas, pada dasarnya ialah perluasan dari audit keuangan dalam hal tujuan dan prosedurnya. Audit kinerja memfokuskan pemeriksaan pada langkah-langkah-langkah-langkah dan peristiwa-kejadian ekonomi yang menggambarkan kinerja entitas atau fungsi yang diaudit. Perbandingan antara audit kinerja dengan audit keuangan yaitu selaku berikut:
Perbandingan Audit Keuangan dengan Audit Kinerja
| Audit Kinerja | Audit Keuangan |
|---|---|
| Objek audit: laporan keuangan | Objek audit: organisasi, acara, kegiatan/ acara, atau fungsi |
| Menguji kewajaran laporan keuangan dari salah saji yang material dan kesesuaiannya dengan prinsip akuntansi yang diterima umum | Menguji tingkat ekonomi, efisiensi, dan efektivitas dalam penggunaan sumber daya untuk mencapai tujuan |
| Lebih bersifat kuantitatif – keuangan | Lebih bersifat kualitatif |
| Tidak terlalu analitis | Sangat analitis |
| Tidak memakai indikator kinerja, tolok ukur, dan sasaran kinerja | Membutuhkan indikator, kriteria, dan sasaran kinerja untuk mengukur kinerja |
| Biasanya tidak mempertimbangkan analisis ongkos manfaat | Biasanya mempertimbangkan analisis biaya-manfaat (cost-benefit analysis) |
| Waktu pelaksanaan audit tertentu (biasanya pada tamat masa akuntansi) | Audit mampu dikerjakan ketika-waktu |
| Audit dilakukan untuk kejadian keuangan era kemudian (post event) | Mempertimbangkan kinerja periode kemudian, kini, dan yang hendak datang |
| Tidak dimaksudkan untuk membantu melakukan alokasi sumber daya secara optimal | Dimaksudkan untuk memperbaiki alokasi sumber daya secara optimal dan memperbaiki kinerja |
| Tidak terdapat anjuran audit dan follow-up audit | Terdapat nasehat audit dan follow-up audit |
c) Audit dengan tujuan tertentu, merupakan audit khusus di luar audit keuangan dan audit kinerja yang bertujuan untuk menunjukkan simpulan atas hal yang diaudit. Audit dengan tujuan tertentu mampu bersifat eksaminasi (examination), reviu (review), atau mekanisme yang disepakati (agrees-upon procedures). Audit dengan tujuan tertentu meliputi audit atas hal-hal lain di bidang keuangan, audit investigatif, dan audit atas sistem pengendalian internal.