Dalam sebuah kesempatan ceramahnya Gus baha menjelaskan perihal argumentasi keharaman ganti kelamin, dari pria menjadi perempuan dan begitu pula sebaliknya. Alasa orang mengganti alat kelamin dengan landasan Hak Asasi Manusia tidak mampu diterima. Sebab dalam tinjauan fikih akan banyak problematika rumit yang mustahil terpecahkan dan ditemukan solusinya.
Orang yang ganti menjadi vagina tidak serta merta mampu divonis dengan wanita. metode kromoson dalam tubuhnya tetap masih berfungsi sebagai laki-laki, beliau tidak akan haid, jenggot masih berkembang, ketertarikan masih pada perempuan, dan gaya pergaulannya pun masih versi pria bukan perempuan. Hal tersebut sangat dikritik oleh Al Qur’an sebagaimana firman Allah dalam Qur’an Surah an-Nisa ayat 117-119,
فَلَيُغَيِّرُنَّ خَلْقَ اللَّهِ
Imam Syafi’i menerangkan bahwa ilmu ada 2 ialah, ilmu fikih dan pengobatan.
إنما العلم علمان: علم الدين، وعلم الدنيا، فالعلم الذي للدين هو: الفقه، والعلم الذي للدنيا هو: الطب
“Ilmu itu ada dua: ilmu agama dan ilmu dunia, ilmu agama yaitu fiqh (fiqh akbar: aqidah, fiqh ashgar: fiqh ibadah dan muamalah, pent). Sedangkan ilmu untuk dunia adalah ilmu kedokteran.”