Pengertian biasa mikroorganisme
Pengertian biasa mikroorganisme perombak materi organik atau biodekomposer yaitu mikroorganisme pengurai serat, lignin, dan senyawa organik yang mengandung nitrogen dan karbon dari bahan organik (sisa-sisa organik dari jaringan tumbuhan atau hewan yang telah mati). Mikroba perombak bahan organik terdiri atas Trichoderma reesei, T. harzianum, T. koningii, Phanerochaeta crysosporium, Cellulomonas, Pseudomonas, Thermospora, Aspergillus niger, A. terreus, Penicillium, dan Streptomyces
Fungi perombak bahan organik secara biasa
Fungi perombak materi organik lazimnya memiliki kemampuan yang lebih baik dibanding bakteri dalam mengurai sisa-sisa flora (hemiselulosa, selulosa dan lignin). Umumnya mikroba yang bisa mendegradasi selulosa juga mampu mendegradasi hemiselulosa. Kelompok fungi memberikan aktivitas biodekomposisi paling kasatmata, yang dapat segera menimbulkan materi organik tanah terurai menjadi senyawa organik sederhana, yang berfungsi sebagai penukar ion dasar yang menyimpan dan melepaskan hara di sekeliling tanaman.
Beberapa enzim yang terlibat dalam perombakan bahan organik antara lain yaitu β-glukosidase, lignin peroksidase (LiP), manganese peroksidase (MnP), dan lakase, selain kelompok enzim reduktase yang ialah penggabungan dari LiP dan MnP, ialah enzim versatile peroksidase. Enzimenzim ini dihasilkan oleh Pleurotus eryngii, P. ostreatus, dan Bjekandera adusta (Lankinen 2004). Selain mengurai materi berkayu, sebagian besar fungi menciptakan zat yang besifat racun, sehingga dapat dipakai untuk menghalangi pertumbuhan/perkembangan organisme pengganggu, mirip beberapa strain T. harzianum yang ialah salah satu anggota Ascomycetes. Apabila keperluan karbon (C) tidak tercukupi, fungi tersebut akan menciptakan racun yang dapat menggagalkan penetasan telur nematoda. Meloidogyn javanica (penyebab nanah akar), sedangkan kalau kebutuhan C tercukupi akan bersifat benalu pada telur atau larva nematoda tersebut. Fungi Zygomycetes (Mucorales) sebagian besar berperan sebagai pengurai amylum, protein, lemak, dan cuma sebagian kecil yang mampu mengurai selulosa dan khitin.
Pemanfaatan mikroorganisme perombak bahan organik yang sesuai dengan substrat bahan organik dan keadaan tanah ialah alternatif yang efektif untuk mempercepat dekomposisi materi organik dan sekaligus sebagai suplementasi pemupukan. Proses perombakan bahan organik yang terjadi secara alami akan membutuhkan waktu relatif lama (2 bulan) sungguh menghambat penggunaan materi organik sebagai sumber hara. Apalagi kalau dihadapkan kepada tenggang waktu periode tanam yang singkat, sehingga pembenaman materi organik sering dianggap kurang simpel dan tidak efisien. Untuk menangani hal tersebut, perlu dilaksanakan inokulasi mikroba terpilih guna mempercepat proses perombakan materi organik. Percepatan perombakan sisa hasil tumbuhan dapat mengembangkan kandungan bahan organik dan ketersediaan hara tanah, sehingga kala penyiapan lahan dapat lebih singkat dan mempercepat kurun tanam berikutnya, yang mempunyai arti akan meningkatkan intensitas pertanaman. Inokulan perombak materi organik telah tersedia secara komersial dengan berbagai nama, mirip EM-4, Starbio, M-Dec, Stardek, dan Orgadek.