Organisasi otonom muhammadiyah terdiri dari 7 macam yaitu:
1. Aisyiyah
Berasal dari “Aisyah” yakni nama salah seorang istri Nabi Muhammad SAW ditambah dengan ya’ nisbah yang mempunyai arti pengikut/pengiring. Muhammadiyah menamakan gerakan wanitanya dengan nama ‘Aisyiyah dengan maksud agar kaum ibu dalam Muhammadiyah ikut berjuang bersama-sama dalam memberikan fatwa Islam ke tengah-tengah masyarakat serta dapat meneladani hidup dan usaha ibu kaum muslimin yakni Siti ‘Aisyah RA tersebut.
2. Nasyiyatul “Aisyiyah
Nasyiyatul berarti lembaga, bibit, benih. ‘Aisyiyah berarti pengikut-pengikut Siti ‘Aisyiyah isteri Rasulullah yang dijadikan nama bagi asosiasi kaum wanita Muhammadiyah. Makara arti Nasyiyatul ‘Aisyiyah adalah nama suatu perkumpulan bagi belum dewasa puteri, yang diadakan untuk mencetak tunas ‘Aisyiyah/Muhammadiyah.
3. Pemuda Muhammadiyah
Maksud dan tujuan cowok Muhammadiyah yakni membina dan menggerakkan potensi cowok Islam untuk mencapai tujuan Muhammadiyah.
4. Ikatan Pelajar Muhammadiyah
Maksud dan tujuan ikatan pelajar muhammadiyah yaitu terbentuknya pelajar muslim yang berakhlak mulia, mahir, percaya diri sendiri dan berguna bagi masyarakat dalam rangka mencapai tujuan Muhammadiyah.
5. Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah
Maksud dan tujuan ikatan mahasiswa muhammadiyah yaitu membentuk akademisi Islam dalam melaksanakan tujuan Muhammadiyah.
6. Tapak Suci Putera Muhammadiyah
Tujuan tapak suci putera muhammadiyah yakni membina ketahanan tauhid siswa dan anggotanya dengan keahlian bela diri dan pembinaan mental tauhid serta merawat dan berbagi seni bela diri orisinil Indonesia guna tercapainya tujuan Muhammadiyah.
7. Kepanduan Hizbul Wathan
Tujuan kepanduan Hizbul Wathan yakni selaku wahana pendidikan anak muda di luar sekolah semoga memiliki tubuh yang sehat serta jiwa yang luhur untuk mengabdi kepada Allah.