Pulau Jawa
11. Provinsi DKI Jakarta: Pelabuhan Sunda Kelapa, Pelabuhan Tanjung Priok.
12. Provinsi Jawa Barat: Pelabuhan Pertiwi, Pelabuhan Pramuka, Pelabuhan Cirebon.
13. Provinsi Banten: Pelabuhan Merak
14. Provinsi Jawa Tengah: Pelabuhan Tanjung Mas, Pelabuhan Tanjung Intan.
15. Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta: Pelabuhan Adikarto
16. Provinsi Jawa Timur: Pelabuhan Batu Guluk, Pelabuhan Kalianget, Pelabuhan Kalimas, Pelabuhan Kamal, Pelabuhan Ketapang, Pelabuhan Ujung, Pelabuhan Tanjung Perak, Pelabuhan Tanjung Wangi.
Pulau Bali & Nusa Tenggara
17. Provinsi Bali: Pelabuhan Gilimanuk, Pelabuhan Benoa, Pelabuhan Padang Bai.
18. Provinsi Nusa Tenggara Barat: Pelabuhan Lembar, Pelabuhan Kayangan, Pelabuhan Gili Trawangan, Dermaga Tanjung Luar, Pelabuhan Pemenang atau Kantor UPP Kelas III Pemenang, Pelabuhan Labuhan Haji.
19. Provinsi Nusa Tenggara Timur: Pelabuhan Tenau, Pelabuhan Bolok, Pelabuhan Waingapu, Pelabuhan Bung Karno, Pelabuhan Ippi, Pelabuhan Atapupu, Pelabuhan Wini, Pelabuhan Larantuka.
Pulau Kalimantan
20. Provinsi Kalimantan Utara: Pelabuhan Tengkayu I, Pelabuhan Tengkayu II, Pelabuhan Malundung, Pelabuhan Juwata Laut.
21. Provinsi Kalimantan Barat: Pelabuhan Dwikora, Pelabuhan Tanjung Satai, Pelabuhan Kayong Utara, Pelabuhan Teluk Air, Pelabuhan Mempawah, Pelabuhan Sukadana.
22. Provinsi Kalimantan Tengah: Pelabuhan Palangkaraya, Pelabuhan Sampit-Kotim, Pelabuhan Kumai-Kobar, Pelabuhan Bagendang-Sampit, Pelabuhan Kuala Pembuang-Seruyan.
23. Provinsi Kalimantan Selatan: Pelabuhan Banjarmasin, Pelabuhan Batu Licin, Pelabuhan Satui.
24. Provinsi Kalimantan Timur: Pelabuhan Semayang, Pelabuhan Kampung Baru, Pelabuhan Samarinda, Pelabuhan Lok Tuan, Pelabuhan Pondong.
Pulau Sulawesi
25. Provinsi Sulawesi Utara: Pelabuhan Bitung.
26. Provinsi Sulawesi Barat: Polewali.
27. Provinsi Sulawesi Tengah: Pelabuhan Pantoloan.
28. Provinsi Sulawesi Tenggara: Pelabuhan Kendari, Pelabuhan Buton.
29. Provinsi Sulawesi Selatan: Pelabuhan Seokarno-Hatta, Pelabuhan Tanjung Ringgit, Pelabuhan Belopa, Pelabuhan Malili, Pelabuhan Pare Pare, Pelabuhan Barru, Pelabuhan penyeberangan Bajoe-Watampone.
Pulau Papua & Kepulauan Maluku
31. Provinsi Maluku: Pelabuhan Yos Soedarso, Pelabuhan Banda, Pelabuhan Tuhelu, Pelabuhan Wahai, Pelabuhan Waisarisa, Pelabuhan Saumlaki, Pelabuhan Namlea, Pelabuhan Amahai, Pelabuhan Geser, Pelabuhan Leksula, Pelabuhan Tual, Pelabuhan Dobo, Pelabuhan Wonreli
32. Provinsi Maluku Utara: Pelabuhan Ternate, Pelabuhan Buli, Pelabuhan Daruba, Pelabuhan Sanana, Pelabuhan Tobelo, Pelabuhan Labuha, Pelabuhan Gebe, Pelabuhan Jailolo, Pelabuhan Soa Sio, Pelabuhan Laiwui.
33. Provinsi Papua Barat: Pelabuhan Sorong, Pelabuhan Manokwari, Pelabuhan Fak-fak, Pelabuhan Kaimana, Pelabuhan Bintuni, Pelabuhan Taminabuan, Pelabuhan Wasior.
34. Provinsi Papua: Pelabuhan Jayapura, Pelabuhan Biak, Pelabuhan Merauke, Pelabuhan Nabire, Pelabuhan Agats, Pelabuhan Pomako, Pelabuhan Amahai.