Karakteristik audit kinerja yakni sesuatu yang hanya dimiliki oleh audit kinerja, yang membedakan audit kinerja dengan jenis audit lainnya. Menurut Profesor Soemardjo Tjitrosidojo (1980) yang dikutip oleh I Gusti Agung Rai terdapat beberapa karakteristik dari audit kinerja, adalah sebagai berikut:
a. Pemeriksaan operasional, dengan memakai perbandingan dengan cara pemeriksaan oleh dokter, haruslah merupakan pemeriksaan semacam “medical check up” (penelitian kesehatan), dan bukan merupakan investigasi semacam “otopsi post mortem” (pemeriksaan mayat); jadi, investigasi sebaiknya dimaksudkan semoga si pasien memperoleh petunjuk agar beliau berikutnya dapat hidup lebih sehat dan bukan selaku pemeriksaan untuk menganalisis karena-sebab kematian.
b. Pemeriksa haruslah wajar (fair), objektif, dan kongkret disamping itu berfikir secara dinamis, konstruktif, dan kreatif. Pemeriksa pun mesti mampu bertindak secara diplomatis.
c. Pemeriksa (atau setidaknya tim pemeriksa secara kolektif) harus memiliki wawasan kemampuan dari berbagai macam bidang, mirip ekonomi, hukum, moneter, statistik, komputer, keinsinyuran, dan sebagainya.
d. Agar investigasi mampu berhasil dengan baik, pemeriksa harus mampu berpikir dengan memakai sudut pandang pejabat pimpinan organisasi yang diperiksanya selain itu pemeriksa mesti benar-benar mengetahui duduk perkara yang dihadapinya, dia harus dapat mengantisipasi problem serta cara penyelesaiannya, dan memberikan gambaran perihal perbaikan-perbaikan yang mampu dipraktekkan dalam organisasi yang diperiksanya.
e. Pemeriksaan operasional harus mampu berfungsi sebagai sebuah “early warning system” (metode perayaan dini) agar pimpinan secara tepat pada waktunya, setidak-tidaknya belum terlambat mampu mengadakan tindakan-tindakan korektif yang mengarah pada perbaikan organisasinya.”
Karakteristik di atas sungguh berhubungan dengan rancangan audit kinerja sebagai audit for management, bukan audit to management. Dalam audit for management auditor mesti menawarkan saran perbaikan bagi administrasi selaku upaya peningkatan akuntabilitas dan kinerja entitas yang diaudit.