Berdasarkan penyelenggaraannya, transmigrasi mampu dibedakan menjadi lima, yakni:
- Transmigrasi biasa adalah transmigrasi yang diselenggarakan dan didanai oleh pemerintah dengan jaminan hidup 18 bulan pertama dan tanah garapan seluas dua hektar.
- Transmigrasi spontan (swakarsa) yakni transmigrasi yang dikerjakan atas ongkos sendiri.
- Transmigrasi bedol desa yaitu transmigrasi yang dilaksanakan oleh penduduk desa beserta perangkat desa, biasanya adanya proyek pemerintah.
- Transmigrasi sektoral ialah transmigrasi yang diselenggarakan antar departemen.
- Transmigrasi setempat adalah bentuk transmigrasi yang perpindahan masih dalam satu daerah yang sempit, misalnya masih dalam lingkungan provinsi.